Desde 2010 es directora ejecutiva de Cequa Chile (Centro de Estudios del Cuaternario Fuego-Patagonia y Antártica), una fundación de derecho privado sin fines de lucro ubicada en Punta Arenas y que desarrolla investigación científica y tecnológica en la región más austral de Chile. Previamente en la misma entidad se desempeñó como investigadora de la Línea de Ecología de Ecosistemas Marinos (2003-2010).
Según cuenta Paola, su principal desafío es que la ciencia deje de ser un producto de elite y sea de y para la comunidad. El principal afán de esta bióloga marina y doctora en genética de organismos marinos es consolidar los centros de investigación en regiones.
Integró, hace más de dos décadas, la primera expedición a la Antártica organizada por la Armada de Chile en el buque AP “Piloto Pardo”. Cuenta que tras algunos días de navegación el mar se congeló completamente y el buque quedó atrapado por el hielo. Con el fin de liberar el buque todos los tripulantes saltaban a proa y popa sin parar. “Mis recuerdo del AP "Piloto Pardo" es un buque maravilloso y su tripulación de junio de 1994, excepcional”, señala Acuña.