La Corte Suprema declaró ilegal el vertimiento de nueve mil toneladas de salmones en descomposición en el Seno de Reloncaví luego de acoger un recurso de protección presentado por pescadores artesanales y organizaciones medioambientales de la Región de Los Lagos. La situación ocurrió en marzo de 2016, cuando la industria acuícola se encontraba enfrentando los problemas derivados del llamado florecimiento de algas nocivas (FAN) o "bloom de algas". En el fallo de la Tercera Sala del máximo tribunal se señaló que el Servicio Nacional de Pesca y Acuicultura (Sernapesca), la Dirección de Territorio Marítimo y de Marina Mercante (Directemar), la Secretaría Regional Ministerial (Seremi) de Salud y la Superintendencia del Medio Ambiente "omitieron desplegar alguna actividad que aminorara los efectos que esa condición climática, que era conocida con anticipación, podía producir sobre los cultivos acuícolas, como efectivamente sucedió, y en tan gran magnitud". Además, afirmó que "la actuación de los recurridos se ha apartado tanto de la normativa jurídica que regula sectorialmente las emergencias ambientales y sanitarias, así como de la que se orienta directamente a la protección del medio ambiente". A su vez, en dos meses, las entidades deberán adoptar medidas para evitar más riesgos a la salud de la población y daños al medio ambiente. Consultado, el presidente de SalmonChile, Arturo Clément, señaló que el fallo cuestiona a las autoridades correspondientes y que las salmoneras no están involucradas, ya que solo obedecieron lo dispuesto por los organismos.
Desde SalmonChile aseguraron que siempre se operó conforme a las órdenes de las entidades.